澎湖群島位於台灣海峽，它是由九十個島嶼所組成的一群火山島，在海流、地質與地形的作用下，周遭海域形成了豐富而多樣的生態系，也孕育了繽紛而瑰麗的海洋生命。

澎湖的海流
澎湖周邊海域主要受中國沿岸流、黑潮支流及南中國海季風流等之交互影響，自然形成一處良好的天然漁場。根據研究顯示，黑潮分支終年皆進入澎湖水道，中國沿岸流則在冬季時受東北季風的吹送下，帶著大量河川注入水沿著中國東海岸南下，形成低溫低鹽之海流，並主導澎湖冬季之海況，此一結果導致澎湖海域四季中皆可出現棲息於北方之洄游性魚類；而夏季盛行的黑潮主流沿台灣東岸北上，支流則流經台灣海峽，並與南中國季風流交會，形成高溫高鹽之海況，因而為澎湖海域帶來了熱帶及亞熱帶等洄游性魚類。由於洋流的影響，使得澎湖四季均有其代表性的海洋生物，而且兼具了熱帶與亞熱帶的生物組成。

澎湖的海岸
熔岩冷卻後玄武岩所構成基質，在長時間受到風與海洋的作用，使得澎湖的海岸，發育出多樣，且寬廣的潮間帶，亦成為了生物棲息、繁衍的重要舞台。

除了常見的砂岸、岩岸、泥地、泥沙混合地形等，更有獨特的珊瑚淺坪。高歧異度的棲息空間，提供了形成海洋生物多樣的基礎，不僅使得澎湖成為以漁業聞名的島嶼，而豐富的海洋資源，更是發展觀光產業時的重要利基。

在面臨全球變遷的威脅下，歧異度高的生態環境，成為了澎湖最重要的自然資源。